Giai đoạn 1793-1795, ông chỉ huy Tập đoàn quân Tây Pyrénées và đã đánh bại quân Tây Ban Nha tại trận Escola. Ông tiếp quản vai trò của Jacques François Dugommier sau khi ông này hy sinh tại trận Black Mountain. Ông giành thắng lợi trong cuộc vây thành Roses (1794–1795) vào đầu năm 1795. Năm 1796, ông được bầu vào Hạ viện và làm đại sứ tại Tây Ban Nha, với thành công khi ký Hiệp ước San Ildefonso với Vương quốc Anh.

Năm 1798, Perignon được gọi quay lại phục vụ quân đội tại Liguria nơi ông chỉ huy cánh trái. Mặc dù bị thương và bị bắt bởi Liên minh chống Pháp lần thứ hai tại trận Novi, ông đã quay trở lại Pháp vào 1800.